近日,《Inorganica Chimica Acta》期刊2024年发表的食管癌治疗研究‘Copper complex@Paclitaxel: A new dual-functional fluorescent-responsive composite material and treatment on esophageal cancer cells’ 铜配合物@紫杉醇:一种新型双功能荧光响应复合材料及其对食管癌细胞的作用(doi: 10.1016/j.ica.2024.122192 )陷入学术争议。该研究由Peilin Zhu , Zhuonan Meng , Pengcheng Chen , Shuping Chu , Bin Wang , Cheng Chen(通讯作者)共同完成,通讯单位为浙江省人民医院肿瘤中心胸外科。2025年4月评论人Sylvain Bernès指出:请允许我详细解释一下论文工厂是如何制造看似“合法”的单晶X射线结构数据的。本文以《Inorganica Chimica Acta》发表的一篇包含Cu(II)配合物结构的文章为例,我认为是一个很好的说明。任何经常使用 SHELXL 和 OLEX2 的结构化学研究者,都可以复现下面所描述的每一个步骤。该 Cu(II) 结构已被提交至 CCDC,编号为 2165406 / VUDJEN。然而,未提供结构因子(structure factors)。考虑到该结构发表已经超过一年,这本身就是一个非常、非常严重的警示信号。在 CSD 中使用晶胞参数(该结构为 P-1 晶系)进行搜索发现:一个几乎相同的化合物,但其中金属中心为 Zn(II),早在 2021年已发表于《Journal of Solid State Chemistry》。该结构的 Cif 文件(包括结构因子)可以获得,编号为 CCDC-2040743 / EVORUF。EVORUF 的晶胞参数与 VUDJEN 不同,但相似。首先,这两个晶体用于衍射的数据中,晶体尺寸完全一致。这或许是巧合,但已经值得注意。更令人担忧的是:Zn(II) 的结构(EVORUF)包含一个失序区域。具体来说,不对称单元中的一个三唑环在两个位置上失序,占据比为 0.64:0.36。在精修这个失序结构时,作者使用了一套非常具体的约束参数(共 22 个),用于键长与环平面性控制(在 SHELXL 中用 DFIX 和 FLAT 命令实现)。然而,Cu(II) 配合物的结构精修,使用了完全相同的一套约束参数。不仅命令完全一致,标准偏差(standard deviations)也完全相同,甚至对失序三唑环的标号系统也一样。4. 现在,Cu(II) 结构与原始的 Zn(II) 结构在许多实验参数上存在差异:收集到的反射数 / 独立反射数 / 可观察反射数、R(int)、精修残差(R residuals)等。这是因为使用了来自 Zn(II) 结构的结构因子,但数据分辨率不同,为 0.84 ?,而原始数据集为 0.74 ?。要复现这场造假,我们只需要按如下步骤操作:
使用已公开的结构因子(EVORUF 中提供)对原始 Zn(II) 结构进行精修;
在模型中将 Zn 替换为 Cu,并根据伪造 Cu(II) 结构 VUDJEN 的晶胞参数修改晶胞参数;
将数据分辨率降低到 0.84 ?(在 SHELX 中使用命令 SHEL 100 0.84);
进行精修。由于分辨率已被修改,因此应优化加权方案(weighting scheme)。需要注意的是,失序部分的占据率是通过自由变量(FVAR)定义的,因此这些占据率也将被精修;
在精修收敛后,将所生成的 Cif 文件与发表在《Inorg. Chim. Acta》文章中附带的伪造 Cif 进行比较。此时,所有参数完全一致。
换句话说,这种造假是可以复现的。
值得注意的是,失序三唑环的原子占据率也被还原出来了。
5. 最后,结构部分通常会进行描述。这通常通过一个拙劣的改写来完成,并且结构参数并不会根据新的精修结果进行更新。这就导致出现荒谬的几何参数,例如 Zn—N 和 Cu—N 的键长完全相同(见下图)。这样的改写还经常包含“奇怪的用词”。在本例中,“三角双锥配位构型(triangular bipyramid coordination configuration)”被改写为“三角双锥配位骨架(triangular biconical coordination skeleton)”。
消息来源:
https://pubpeer.com/publications/094CE5A732B855E80619BD0D3B6EE7#0