“存储库”甩锅能自证清白?上海长征医院骨科PNAS论文遭质疑,评论人再揭漏洞

学术深瞳2025-03-30 13:01:22湖北
近日,发表于《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》期刊的研究 ‘Dancr-BRG1 regulates Nfatc1 transcription and Pgc1β-dependent metabolic shifts in osteoclastogenesis’ Dancr-BRG1通过调控Nfatc1转录和Pgc1β依赖的代谢转变影响破骨细胞生成doi: 10.1073/pnas.2313656121 )因实验图像问题引发质疑。该研究由Zheng Zhang、Yichen Meng、Tao Lin、Zhanrong Zhang、Zhengbo Tao、Haozan Yin、Fu Yang(通讯作者)和Xuhui Zhou(通讯作者)共同完成,通讯作者Xuhui Zhou单位为第二军医大学(海军军医大学)长征医院骨科,上海交通大学医学院附属第一医院骨科转化研究中心,通讯作者Fu Yang单位为第二军医大学(海军军医大学)医学遗传学教研室。
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2025年3月评论人Pseudoamuria uptoni指出本文存在图像重复:
我们注意到作者最近在这篇文章中解决了一个问题。然而,当我们的团队研究这篇文章时,我们发现还有另一个问题,我们希望作者能注意到。图 3 (G) 和图 4 (J):这两张图片是重复的,尽管完全相同,但它们的背景颜色并不完全相同,这表明在研究过程中可能进行了手动调整。我添加了红色矩形来显示我的意思。作者能否检查并发表评论?
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通讯作者Xuhui Zhou回复:

非常感谢您的回复。经过对我们的手稿进行细致审查,我们确认这是一项无意的疏忽。为全面解决这一差异,我们现已提交每个实验组别的全部四个生物学重复数据,并更新至图 3G 和图 4J。我们希望通过以下详细说明对此问题进行澄清:

1.在图像编排过程中,我们无意中使用了错误的图片。这些显微图像存储在计算机系统的同一存储库中,因此导致错误地将 "siNfatc1" 组的图像归类为 "siPgc1β+siNfatc1" 组。然而,通过完整提供所有四个生物学重复数据可以证明,我们论文中的定量分析和最终结论依然准确,并未受到此无意错误的影响。

2.关于部分图像背景差异的问题,我们想进一步解释如下:TRAP 染色样本本身具有异质性背景特征,这种差异源于细胞密度、区域培养条件以及显微观察参数的变化。为此,我们对亮度和/或对比度进行了适度调整(10-20%),以标准化不同实验组之间的背景特性,从而提高 TRAP 阳性细胞的可视化效果,以便读者更清晰地观察。需要强调的是,这些调整仅用于增强可视化效果,并未对 TRAP 阳性细胞的定量评估造成任何影响。相反,这些优化有助于更准确地识别和量化 TRAP 阳性细胞结构。

3.此外,我们承认在四个生物学重复之间的细胞密度和 TRAP 染色强度存在一定的变异性。这种差异是破骨细胞生成实验方法本身所固有的。我们在 96 孔板中培养小鼠骨髓单核细胞,并在每个孔内全面计数破骨细胞(定义为含有 ≥3 个细胞核的 TRAP 阳性细胞)。代表性显微图像来自破骨细胞密度最高的区域。因此,观察到的细胞分布差异是实验本身的正常变异,不会影响论文结论的科学有效性。

我们将主动联系期刊编辑部,以推动正式勘误声明的发表。我们衷心感谢您的细致观察,并感谢您对这些技术细节的理解与包容。


评论人Pseudoamuria uptoni回复:
非常感谢您的及时回复以及您提供的额外支持数据。然而,在您新提交的数据中,我注意到不同组别之间仍然存在部分图像重叠的情况,并且冰冻切片图像的角度似乎有所偏移。我已标注出这些问题,希望作者能够对此提供合理的解释。

消息来源:
https://pubpeer.com/publications/2298051D93671375A077DB2BC17B25#1
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