一撤一重复！上海市第九人民医院口腔颌面头颈肿瘤科两篇研究遭质疑
于 2025 年 3 月 15 日撤稿。
“本期刊编辑已撤回该文章，因为有人对其数据报告提出了质疑。该研究分析中使用的两个数据集 GSE10334 和 GSE16134 均来源于相同的健康及病变牙龈组织存档，因此两者之间存在显著的样本重叠。此外，这两个数据集均包含来自同一患者的多个样本。然而，本文作者所采用的分析方法并未考虑到这些局限性。因此，编辑不再对该论文的研究结果和结论的可靠性抱有信心。
Zhengrui Li、Attila Gábor Sz?ll?si、Hafiz Muzzammel Rehman、Xufeng Huang、Qi Wang、Shujing Zhou 和 Rao Fu 对本次撤稿表示反对。其余作者未对出版社就此撤稿的联系作出回应。”
通讯作者Zhengrui Li回复：
这本“非凡”的期刊因同样的原因撤回了多篇关于牙周炎数据集的论文。为什么不在技术审查和初步检查阶段及早发现问题？为什么要等到经过两轮审稿后才选择撤稿？？？更荒谬的是，虽然这两个牙周炎 GEO 数据集使用了不同的编号，但其中健康对照样本的数据除了名称不同外，完全一致。这是否意味着他们可以随意上传之前的测序数据？？？
再来说说这位“值得称赞的”副编辑 Alex Goodridge，他目前还在攻读博士学位，作为一名非牙科学专业的人员，却对我们的论文做出了愚蠢的决定。当我们提交了去除重复样本的新结果和新稿件时，他仍然选择继续撤稿。当我们指出其他发表的分析并未被质疑时，他却告诉我们，他不在乎其他期刊是否发表了类似的文章。当我们发现更新后的分析结果与原始结果大致相同时，他又以“结论不具说服力”为由坚持撤稿。当我们希望征求其他学术编辑的意见时，他仍然坚持撤稿。他甚至不允许我们发表评论或更正！！他所做的一切似乎不是为了学术公正，而是为了撤稿而撤稿。比学术造假更可怕的是学术歧视，比撤稿更恶心的是学术构陷。
以下是两个数据集的信息，希望其他研究人员不要再被欺骗：
GSE10334 健康和病变牙龈组织的转录组数据
Demmer RT, Papapanou PN, Pavlidis P
Demmer RT, Behle JH, Wolf DL, Handfield M 等. 健康和病变牙龈组织的转录组研究. J Periodontol 2008年11月;79(11):2112-24. PMID: 18980520
90 名非吸烟者（其中 63 例慢性牙周炎和 27 例侵袭性牙周炎），每人提供至少 2 处“病变”邻间乳头（探诊出血，探诊袋深≥4mm，临床附着丧失≥3mm），如果可能，还提供 1 处“健康”乳头（无探诊出血，PPD≤4mm，CAL≤2mm）。提取 RNA 并进行扩增、逆转录、标记，并使用 AffymetrixU133Plus2.0 芯片进行杂交。最终共分析了 247 份样本（来自 183 个病变位点和 64 个健康位点）。
GSE16134 牙龈基因表达的细菌相关性研究
Demmer RT, Papapanou PN, Pavlidis P
Papapanou PN, Behle JH, Kebschull M, Celenti R 等. 牙龈组织基因表达与龈下细菌定植模式的相关性. BMC Microbiol 2009年10月18日;9:221. PMID: 19835625
Kebschull M, Demmer RT, Grün B, Guarnieri P 等. 牙龈组织转录组揭示不同的牙周炎表型. J Dent Res 2014年5月;93(5):459-68. PMID: 24646639
共有 120 名接受牙周手术的患者提供了至少 2 处（范围 2-4 处）上颌后牙区的邻间牙龈乳头。在组织取样前，研究者从每个乳头的近中和远中采集了龈下菌斑样本。随后提取牙龈组织 RNA，并进行逆转录、标记，再使用全基因组微阵列进行杂交（共 310 个样本）。